おすすめかどうかはわからないが、
よく行ってるところをピックアップしたもの。
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①神田古書店街
注意：神田古書店街自体が第１、３日曜休みのところが多い。
　　　　長島書店などのように日曜休みの店があるので、
　　　　定休日は確認すべし。
初めて行ったときJR神田駅で降りて途方にくれた(T_T)
JR中央線のお茶の水か、通は地下鉄の神保町駅
ＬＩＮＫページの「本の街神田」のHPに詳しい場所が載ってます。
言うまでもないが、世界に名だたる古本街。
・絶版漫画をメインに扱ってる店
（１）夢野書店：中野書店から漫画部が独立。神田古書センター２階。
※中野書店、長島書店、遊星堂は閉店してます。
・新刊書店
（1）書泉グランデ：２階が漫画専門フロアになりました。
※コミック高岡は閉店しました。
ここの新刊書店はそれぞれ特色があり、あなどれない。

②まんだらけ
なんのかんの言っても、昨今の絶版まんがブームの火付け役。
「まんだらけZENBU」という中々読み応えがある目録も出している
・札幌店：NORBESAビル2階に広がる。渋谷店のような感じ。
・中野店：本店。マニア館のみならず、「中野ブロードウェーセンター」自体必見。
・秋葉原店：おもちゃ、同人誌主体だが、ビル建ててちょっと大型化。雑誌もちょっとあり。
・渋谷店：同人誌の比重が高いが、広々とした印象
・池袋店：同人誌専門。池袋はもちろん腐女子メイン。
・宇都宮店：同人誌がメイン。フェスタビルはおたくビルでアキバのラジオ会館みたいなカンジ。
・名古屋店：上前津の商店街の広い店舗に引っ越したので、鶴舞の古本屋とセットで回れます。
・うめだ店：渋谷と同じような構え。広々している。
・グランドカオス店：日本橋に戻りました。品揃えは豊富。
・福岡店：昔の名古屋店と同じような感じ。
なんだかんだいって、小倉店以外は行っていたりする。。

③佐藤書房（八王子）
LINKページの「日本の古本屋 古書情報」で場所・連絡先検索可能。
水木しげる、永井豪、藤子不二雄に偏っているが、70年代の漫画に
ついては相当の数。特に上記２作家目当てではるばる上京しにくる方
はまずここに来るべき。（といいたいが、最近はそれほどでもない）
店の人もきさくなので、何気にいろいろ教えてくれる。
今時カードが使えないのが玉にきずだし、プレミアものはしっかり高いが、
そうでないものは普通の古本値段売りしているので、数ある絶版古書店
のなかでも高評価を受けている。私もすでに常連というかただのアホです。
また、ここで一番評価したいのは、店頭販売がメインであること。
実際に足を運んで探求本を手に取って探せる感動を今時の
特に絶版漫画の古本屋で味わうのは難しくなっていますから。
よく考えたら、半分以上の蔵書をここで揃えてるんですよね。
う～む単なるいいかもだよなー（←その通り）
最近は貸し本系統に力を入れている

④インターネット仮想書店
当然この辺は利用していると思いますが・・・・

・AMAZON
現状のネット書店では、おそらく日本では随一。
紀伊国屋よりも
・中古をあつかっている（1円から！）
・注文や発送などのシステムが秀逸
なので、新刊のみならず、ちょっと古めの本を探すのにも最適。

・紀伊国屋INTERNET仮想書店
年間\1500で会員になると、和書、洋書の検索と買い物が24時間OK
新刊のデータベースとしても非情に優秀。
「コミック類は新宿南店に在庫がある場合のみ受付」なので、注意。
まんがメインの人は使えないです。但し、まんが以外ははきちんと在庫を探して
くれるので、かなり使えるようになってます。

・ヤフー！オークション
何だかんだ言っても使えます。但し結局はオークションサイトなので、
安く買えることも多いが、基本的に「フツーに探しても見つけにくいもの」
だとか的を絞らないときりがないです。

・Zeus
ここも基本的にはオークションサイト。以前はだらだら落札で悪名高かったが、
一発入札に変わってから使ってます(>_<)

・スーパー源氏＆楽天オークション
総合的な古本検索サイト。ここはスキマを行く時に活用してます。
物量のスーパー源氏、システムの細やかさの楽天オークション。

他にもインターネット古書店は増えてますが、
実際、値段を見て高いと思うものは、店頭売りより2-3割くらいは高めに売っている
と考えていいです。

⑤郊外型古書店
「BOOK OFF」や「ブックセンターいとう」のようなチェーン古書店も馬鹿にできない。
最近の新刊については、ほぼ半額で買えるので、意外と穴場になることもある。
ただ、希少本目当てとなると話しは別で、今までの経験上、中途半端に絶版まんがコーナー
を設けてる古本屋で掘り出し物にあった事は一度たりともないので、優先度は一番下になってしまう。
まあ、いとうの方が掘り出し物にあえる確立は高いのですが、最近はどこに行ってもBOOK OFFという感じ。
マジで、家の近所はもともとある古本屋がつぶれそうな勢いだ。